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RNA病毒檢測(RT-qPCR法)(新guan病毒研究推薦)

更新時(shí)間:2020-11-06  |  點(diǎn)擊率:1638

許多病毒都是RNA病毒,如新型管狀病毒。上通行的檢測方法是RT-qPCR方法。這就離不開RT-qPCR mix。下面給您介紹的這款Mix值得關(guān)注,因?yàn)樗捎糜谛耮uan病毒研究檢測(不用于診斷),是其中的一個(gè)重要組分。

 

一、用途

RNA病毒檢測試劑盒(RT-qPCR法)(英文名:ConviFlex™RT-Taq mix用于定性檢測和分析RNA病毒和RNA分子,特別適合檢測新guan病毒等此類病毒。

二、描述:

1.該試劑盒為實(shí)時(shí)定量qPCR(RT-qPCR)RNA病毒檢測試劑盒。

2. 試劑盒由兩種組分組成:

 

組分1.  ConviFlex™ RT-Taq Mix的凍干粉包含:MuLV逆轉(zhuǎn)錄酶、Taq聚合酶及dNTP。

其中MuLV逆轉(zhuǎn)錄酶,來自小鼠白血病病毒(M-MuLV)并經(jīng)過基因修飾。

這里的Taq聚合酶另兼具熱啟動(dòng)功能。

此Taq酶在室溫下,活性被抗體所抑制,當(dāng)溫度達(dá)到70°C以上時(shí),才會(huì)被*激活。

在70°C 以下時(shí),由于Taq酶沒有*活化,因此實(shí)驗(yàn)不會(huì)產(chǎn)生非特異性PCR產(chǎn)物和引物二聚體。熱啟動(dòng)Taq酶的使用可使PCR具有更高的特異性和靈敏度。

 

3. 試劑盒使用時(shí),先用復(fù)溶緩沖液溶解凍干粉,再加入自備的RNA模板和引物。

推薦使用MB公司提供的新guan病毒的引物/探針(英文名:SARS-CoV-2 Confirm,貨號(hào)271-2100)

 

4. 該試劑盒適合大多數(shù)RT-qPCR體系和qPCR儀類型。關(guān)于實(shí)驗(yàn)使用的jia體積、濃度、溫度和孵育時(shí)間,本文有相應(yīng)的建議,但實(shí)驗(yàn)室仍可依據(jù)自己的分析要求作相應(yīng)調(diào)整。

 

三、產(chǎn)品特點(diǎn):

1. 凍干粉為逆轉(zhuǎn)錄酶和Taq酶的預(yù)混液,將RNA逆轉(zhuǎn)錄與qPCR擴(kuò)增兩個(gè)過程合并,一步完成,減少移液次數(shù)、避免交叉污染、操作簡單,節(jié)約時(shí)間。

 

2. Taq酶具有70°C熱啟動(dòng)功能,顯著提高試劑盒的特異性和敏感度。

 

3. 主要組分為凍干粉,4℃保存,儲(chǔ)存運(yùn)輸方便,性能穩(wěn)定。

 

四、需用戶自己準(zhǔn)備的試劑耗材和儀器:

1. 引物、探針(可選)

推薦MB公司提供的新guan病毒的引物/探針(英文名:SARS-CoV-2 Confirm,貨號(hào)271-2100)

2. 熒光定量PCR儀(qPCR儀)

3. 無DNase和RNase的qPCR反應(yīng)管

4. 離心機(jī)

5. 移液器及帶濾芯吸頭(不含DNase和RNase)

6. 用戶自己的樣品。

 

五、樣本制備說明:

1. 來自于真核細(xì)胞、原核細(xì)胞、病毒的RNA以及體外轉(zhuǎn)錄的RNA,均可用于檢測。

 

2. 制備的RNA必須不含RT-qPCR抑制劑,例如有機(jī)溶劑等。

 

3. 盡量減少RNA樣品的凍融次數(shù),同時(shí)避免RNA酶污染,以減少RNA降解的風(fēng)險(xiǎn)。(RNA降解會(huì)極da地限制了RT-qPCR反應(yīng)的性能)

 

4. 樣本制備過程中,注意避免其他DNA的污染,DNA的干擾也會(huì)降低qPCR的準(zhǔn)確性。

建議采用商品化的RNA提取試劑盒預(yù)先處理待檢物(如拭子、活檢組織、哺乳動(dòng)物細(xì)胞和細(xì)菌),例如MB廠家的:

【RNA小提試劑盒】(英文名:ExtractNow™ RNA Mini Kit,貨號(hào)603-1050)

【病毒RNA提取試劑盒】

(英文名:ExtractNow™ Virus RNA Kit, 貨號(hào)611-1010/-1050/-1250)

或使用其他已建立的方法。

 

六、操作注意事項(xiàng):

該試劑盒應(yīng)僅由經(jīng)過培訓(xùn)的實(shí)驗(yàn)室人員使用。始終穿上合適的防護(hù)fu和戴一次性手套。

根據(jù)樣品類型,應(yīng)謹(jǐn)慎處理所有樣品。該試劑盒不含有害物質(zhì)。殘余物可以根據(jù)當(dāng)?shù)胤ㄒ?guī)丟棄。

 

七、操作步驟

步驟1. 凍干粉ConviFlex™RT-Taq Mix,大速離心5秒鐘,然后加入260μl復(fù)溶緩沖液2×Rehydration Buffer,室溫靜置5分鐘后,渦旋并離心5秒鐘,分裝,待用或-18℃保存。

步驟2.  每個(gè)反應(yīng)體系為20µl,其中反應(yīng)mix為15µl。

(1)依據(jù)本次試驗(yàn)樣本數(shù),制備RT-qPCR的反應(yīng)mix。

1個(gè)反應(yīng)mix需要:

①ConviFlex™ RT-Taq Mix(即上面復(fù)溶的預(yù)混液)10µl,

②引物(濃度0.1 - 0.5 µM)

③探針(濃度0.1 - 0.5 µM)

④PCR級(jí)水(使每管總體積為15µl)

注:引物和探針的推薦濃度范圍是0.1-0.5 μM。

通常,引物濃度過高,會(huì)增加引物錯(cuò)配和非特異RT-PCR產(chǎn)物。然而,當(dāng)RT-PCR程序運(yùn)行時(shí)間較長或使用簡并引物時(shí),則推薦引物濃度升高至1 μM。(注意:若使用簡并引物,同一RT-PCR分析中,引物之間應(yīng)具有相同的熔解溫度)

(2)將反應(yīng)mix渦旋并離心5秒鐘。

(3)每個(gè)PCR管中加入15μl反應(yīng)mix和5μl樣本(抽提后的RNA),

或5μl RNA提取試劑盒中的洗脫緩沖液,作為陰性對(duì)照,或5μl PCR級(jí)水作為無模板對(duì)照,或5μl陽性對(duì)照。

(4)扣緊PCR管,然后短暫離心。

(5)將PCR管放置qPCR儀上,蓋好蓋。

 

步驟3. 在qPCR儀上設(shè)置反應(yīng)程序,

示例:  1 cycle   50 °C for 20 min

1 cycle   95 °C for 10 min

45 cycles 95 °C for 15 sec

60 °C for 1 min

 (以上程序僅依據(jù)廠家經(jīng)驗(yàn),用戶可根據(jù)實(shí)際情況調(diào)整溫度和孵育時(shí)間)

 

步驟4. 啟動(dòng)程序

 

八、使用注意事項(xiàng):

1. 使用前應(yīng)認(rèn)真閱讀說明書。

2. 來自不同批次的試劑不能混合。

3. 試劑盒內(nèi)的試劑應(yīng)始終作為一個(gè)整體溶解分裝。

4. 試劑盒應(yīng)在效期內(nèi)使用。

5. 每次PCR至少應(yīng)設(shè)置一個(gè)陽性對(duì)照。每次PCR至少應(yīng)設(shè)置一個(gè)陰性對(duì)照和/或一個(gè)無模板對(duì)照。如果實(shí)驗(yàn)者自己抽提RNA,則可使用洗脫緩沖液作為陰性對(duì)照。對(duì)照必須與待測樣品的處理方式相同。您也可能需要其他實(shí)驗(yàn)室提供的對(duì)照品,例如含高、中、低不同濃度的RNA樣品。使用對(duì)照,對(duì)于確認(rèn)結(jié)果的可靠性或用于排除故障非常有意義。

6. 建議在無RNA和DNA污染的條件下進(jìn)行RT-PCR,以避免操作過程中DNA或非特異RNA的交叉污染。(MB公司推薦使用PCR污染祛除噴霧,英文名:PCR Clean™,貨號(hào)15-2025,預(yù)先清潔實(shí)驗(yàn)環(huán)境。)

7. RNA模板濃度,應(yīng)依據(jù)提取RNA的質(zhì)量、來源、感興趣基因的相對(duì)豐度、以及是否為低拷貝基因,來調(diào)整優(yōu)化。

8. 該試劑盒建議逆轉(zhuǎn)錄步驟的溫度為50°C。但這個(gè)溫度及持續(xù)時(shí)間可根據(jù)實(shí)驗(yàn)室自己的分析要求進(jìn)行優(yōu)化,以增強(qiáng)反應(yīng)的性能。