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研究人員用AI技術(shù)突破動物個體的自動識別難題

更新時間:2020-12-17  |  點(diǎn)擊率:930

西北大學(xué)郭松濤教授長期從事野生動物保護(hù)和行為生態(tài)學(xué)研究,在前人研究的基礎(chǔ)上,經(jīng)過多年探索,團(tuán)隊(duì)實(shí)現(xiàn)了對野生金絲猴的近距離觀察和個體識別(圖1),從而揭開了野生金絲猴種群的“神秘的面紗”,也推動了中國靈長類行為生態(tài)學(xué)的快速發(fā)展。 然而,在野外研究中,如何能24小時準(zhǔn)確、快速和無損傷的對野生個體快速識別和記錄,一直是該研究團(tuán)隊(duì),同時也是*動物學(xué)家面臨的技術(shù)難題,更是限制目前動物行為學(xué)和保護(hù)研究發(fā)展的一個“卡脖子”問題。

郭松濤教授針對這一前沿問題,與計(jì)算機(jī)科學(xué)領(lǐng)域的專家深度交叉融合,組建動物AI(Artificial Intelligence,即人工智能)攻關(guān)團(tuán)隊(duì)。與西北大學(xué)房鼎益、陳曉江教授團(tuán)隊(duì)和西安電子科技大學(xué)苗啟廣教授團(tuán)隊(duì)展開合作,進(jìn)行動物AI研究,利用金絲猴圖像數(shù)據(jù)進(jìn)行金絲猴個體身份快速準(zhǔn)確識別。該團(tuán)隊(duì)基于金絲猴研究團(tuán)隊(duì)長期對該物種特征的研究結(jié)果,利用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)原理,提出具有關(guān)注機(jī)制的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型(圖2),*開發(fā)出基于Tri-AI技術(shù)的動物個體識別系統(tǒng)。Tri-AI系統(tǒng)顛覆了依靠動物個體特征(斑紋、顏色、傷疤)或者人為標(biāo)記特征(如烙印、刺青、染色、環(huán)志、無線電項(xiàng)圈及遺傳標(biāo)記)的傳統(tǒng)方法,實(shí)現(xiàn)了對野生個體的準(zhǔn)確身份識別和連續(xù)跟蹤采樣的功能(圖3)。更重要的是,該系統(tǒng)為在“理想條件下”實(shí)現(xiàn)“無觀察者干擾效應(yīng)”的動物學(xué)研究提供了可能。

Tri-AI系統(tǒng)不僅適用多個物種,還可實(shí)現(xiàn)對夜間數(shù)據(jù)分析(圖4)。目前該系統(tǒng)已經(jīng)在靈長類的41個代表性物種和4種食肉動物群體進(jìn)行了適用性驗(yàn)證,平均識別精度達(dá)94.1%。該技術(shù)可每秒識別31張圖片,提高了個體數(shù)據(jù)分析效率,未來可作為大數(shù)據(jù)分析的核心組件,為動物學(xué)研究提供新的技術(shù)方案,也為實(shí)現(xiàn)野生動物保護(hù)和智能管理提供可靠的技術(shù)支撐。

該研究成果以“Automatic identification of individual primates with deep learning techniques”為題(圖4),發(fā)表于CELL旗下綜合性子刊《交叉科學(xué)》(iScience)。西北大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院郭松濤教授是論文通訊作者和diyi作者,信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院許鵬飛副教授和西安電子科技大學(xué)苗啟廣教授為該論文的共同diyi作者。該工作還受到國家自然科學(xué)基金委、中國環(huán)境科學(xué)研究院、中國科學(xué)院西安分院、陜西省科技廳、陜西省林業(yè)草地局、深圳野生動物園,陜西省林業(yè)科學(xué)院,秦嶺大熊貓研究中心等單位的大力支持。

支原體污染對細(xì)胞的影響

1、影響細(xì)胞的生長狀態(tài)及形態(tài)支原體可使培液中支持細(xì)胞生長的營養(yǎng)物質(zhì)含量減少,造成細(xì)胞生長緩慢甚至停止;細(xì)胞狀態(tài)變差,生長變慢,在顯微鏡下觀察可能會有小黑點(diǎn),但培養(yǎng)基一般不發(fā)生渾濁。會導(dǎo)致細(xì)胞微管解聚,引起細(xì)胞一系列病變,表現(xiàn)為細(xì)胞收縮、貼壁細(xì)胞脫落、裂解等。細(xì)胞傳代以后就出現(xiàn)細(xì)胞間黑點(diǎn),細(xì)胞空泡化,很多類似凋亡、壞死的細(xì)胞,終細(xì)胞漂浮,*死亡。

2.影響細(xì)胞的代謝和功能

(1)培液中的精氨酸被支原體大量消耗,引起細(xì)胞蛋白質(zhì)、DNA、rRNA、mRNA 的合成障礙;

(2)支原體活動使培養(yǎng)基成分發(fā)生改變(如發(fā)酵型支原體降解糖類產(chǎn)生酸性物質(zhì)),影響細(xì)胞代謝;

(3)支原體吸附在細(xì)胞表面,破壞細(xì)胞膜的完整性,影響細(xì)胞信號傳遞;

(4)支原體消耗細(xì)胞的核苷庫—染色體異常。

3、其他此外,支原體污染還會影響一些病毒在細(xì)胞中的產(chǎn)量、使惡性細(xì)胞致癌能力下降、影響淋巴細(xì)胞分化等。

一、環(huán)境中的支原體污染的預(yù)防和清除

Mycoplasma OffTM是一款支原體噴霧劑,用于清除工作區(qū)域中的支原體。它起效快(10秒鐘即起效),安全無毒,對細(xì)胞不會產(chǎn)生不良影響,噴灑后,可再用干凈紙張擦拭即可。對于工作臺以及各種細(xì)胞操作的器具表面,均可使用。如果是需要避免沾染液體的電子設(shè)備,可使用Mycoplasma OffTM濕巾擦拭。

細(xì)胞孵箱、水浴鍋等有溫水的地方,也容易滋生支原體、細(xì)菌等。在循環(huán)水中倒入Water ShieldTM(1:200稀釋)即可有效地預(yù)防滋生,效果可持續(xù)1個月左右。

Mycoplasma OffTM對許多細(xì)菌、病毒也有預(yù)防和殺滅作用。

二、細(xì)胞培養(yǎng)中支原體污染的祛除

通常來說,被污染的細(xì)胞應(yīng)該丟棄,以避免成為污染源。但對于珍貴的細(xì)胞,可使用Minerva Biolabs公司的Mynox®或Mynox Gold®。以往別的品牌的支原體清除劑,其實(shí)只是抑制劑,它們抑制支原體的DNA合成和蛋白合成,但無法殺除。Mynox®是市面上一款具有殺滅作用的清除劑。它提取自枯草桿菌,可與支原體膜特異性結(jié)合,破壞膜通透性,導(dǎo)致支原體膨脹破裂而死。使用Mynox®一般在2-3個小時即可完成清除任務(wù)。

Mynox Gold®是Mynox®的升級版,它通過四個療程產(chǎn)生作用。每個療程即細(xì)胞傳一代。它除了包括Mynox®,也包含復(fù)合抗生素成分。以往別的品牌的支原體清除劑只是針對支原體的抗生素成分,但也容易產(chǎn)生耐藥。Mynox Gold®將Mynox®和抗生素結(jié)合,即結(jié)合了二者的優(yōu)點(diǎn),又去除了二者的不足,因?yàn)橛械募?xì)胞對Mynox®的治療不太適應(yīng),而Mynox Gold®要比Mynox®更加溫和,對細(xì)胞的毒性效應(yīng)極小,因而更適用于脆弱的不太好養(yǎng)的細(xì)胞。

三、細(xì)胞培養(yǎng)中支原體污染的預(yù)防

Zell ShieldTM直譯過來是細(xì)胞盾牌,它不僅能殺菌,還可抑制支原體的蛋白和DNA合成,因而能避免支原體的污染。使用時按1:100的比例加到培養(yǎng)基中,即可使用。它是復(fù)合抗生素成分,支原體耐藥的出現(xiàn)幾率很低。

四、細(xì)胞培養(yǎng)中支原體污染的監(jiān)測

可使用MB公司出品的Venor® Gem系列,常用的是一步法試劑盒(Venor® Gem OneStep),它采用靈敏的PCR方法,能識別常見的至少二十七種支原體。所有試劑均在一管內(nèi),為穩(wěn)定的凍干粉形式,用緩沖液溶解后可直接使用。細(xì)胞上清取2l即可完成支原體的篩查。